IMB > cellule > Moyens de calcul

Les nouvelles ressources locales de calcul PLAFRIM 2

Mutualisation des ressources de calcul : PlaFRIM

  • Conditions d’accès

    • Posséder un compte informatique à l’IMB
    • Générer les clés ssh à partir du compte IMB nécessaires à l’accès à PlaFRIM via une passphrase secrète
    • Remplir la demande de ressources (formulaire en ligne)
    • Créer s’il n’existe déjà .ssh/config dans votre répertoire de base ($HOME) courant contenant les deux blocs suivants qui servent respectivement pour l’accès depuis l’IMB ou depuis l’extérieur :

      Host hostname_imb
      User id_plafrim
      ForwardAgent yes
      ForwardX11 yes
      ProxyCommand ssh -l id_plafrim ssh-plafrim.math.u-bordeaux1.fr -W plafrim:22

      Host hostname_ext
      User id_plafrim
      ForwardAgent yes
      ForwardX11 yes
      ProxyCommand ssh -l id_plafrim ssh.plafrim.fr -W plafrim:22

    • id_plafrim est l’identifiant plafrim de l’utilisateur pour se connecter aux machines de PlaFRIM ; hostname_imb et hostname_ext peuvent avoir un nom quelconque défini par l’utilisateur qu’il utilisera au moment de la connexion à PlaFRIM respectivement depuis l’IMB ou l’extérieur.
  • Accès aux machines de calcul

    • la connexion se fait uniquement via la passphrase secrète générée via votre clé ssh
      • depuis l’IMB : ssh id_plafrim@hostname_imb, où hostname_imb est le nom que vous avez indiqué dans le fichier config ci-dessus dans le premier bloc d’instructions
      • depuis l’extérieur : ssh id_plafrim@hostname_ext, où hostname_ext est le nom que vous avez indiqué dans le fichier config ci-dessus dans le second bloc d’instructions
    • après connexion, l’utilisateur se trouve sur une des machines interactives develxx
    • les machines de la plateforme
  • Documentation logicielle

    • La liste des modules (compilateurs, bibliothèques, ...) est disponible via la commande module av et un module se charge via la commande module add
    • politique des modules
    • en dehors du mode interactif, la plupart des jobs se soumettent en mode batch avec le gestionnaire de travaux SLURM
  • Répertoires de travail

    • A la création d’un compte, chaque utilisateur dispose de deux espaces de stockage :
      • un espace de stockage de base (/home) limité à quelques Go et qui est principalement dédié à la mise en oeuvre des codes sources des logiciels, leur compilation et leur exécution sur des petits volumes de données afin de tester que le code de calcul se comporte bien.
      • un espace de stockage (/lustre) avec quelques centaines de Go pour les calculs nécessitant de gros volumes de données. Il est fortement recommandé de travailler dans cet espace car l’accès disque en terme de lecture et d’écriture de fichiers est beaucoup plus rapide que sur le /home standard.