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Moyens de calcul et de stockage

Pour vos questions relatives aux moyens de calcul/stockage et au développement,

venez nous rencontrer au bureau 270 ! (Laurent et Philippe)

Divers moyens de calculs sont accessibles aux membres de l’IMB.

Par ordre croissant de complexité d’utilisation et de puissance :

  1. votre poste de travail (portable ou diskless) !
  2. servisu (local) : serveur strictement identique aux diskless
  3. FrIMBold (local) : environnement similaire aux diskless
  4. PlaFRIM2 (IMB/LaBRI/INRIA) : cluster HPC avec gestionnaire de job (Slurm)
  5. MCIA (mésocentre/régional) : cluster HPC avec gestionnaire de job (Slurm/Torque) + solution de stockage pérenne iRODS
  6. GENCI (national) : cluster HPC avec gestionnaires de jobs / sur dossier
  7. EGI (européen) : Grille de calcul Européenne. utilisation particulière

Les logiciels scientifiques

FrIMBold - Grappe de serveurs génériques à l’IMB

PlaFRIM2 - Se connecter

PlaFRIM2 - Utilisation (introduction)

PlaFRIM2 - visualisation déportée (ex : matlab)

PlaFRIM2 - avancé : partie pratique

PlaFRIM2 - avancé : contexte d’utilisation

Cas où l’on souhaite faire beaucoup de calculs indépendants, chaque instance de calcul étant définie par quelques paramètres. Ex : faire varier $n$ et $m$ entre $0$ et $100$ pour calculer toutes les valeurs d’une fonction $f(n,m)$

PlaFRIM2 - avancé : gros travaux segmentables ou besoin de réactivité (testpreempt)

PlaFRIM2 - Divers

Comment installer des logiciels depuis un environnement non ouvert sur Internet

Comment mettre en place un tunnel http/https via votre connexion SSH pour pouvoir installer des logiciels dans un environnement qui n’est pas ouvert sur internet. (vérifiez que la charte du système distant vous autorise à faire cela)

MCIA - Calculer au mésocentre régional (curta, avakas)

MCIA - Stockage de données volumineuses - iRODS

  • Le système iRODS mis en place au sein du mésocentre Aquitain permet aux usagers de l’IMB de stocker de gros volumes de données de recherche (plusieurs To par utilisateurs).