Les logiciels scientifiques

[orange fonce] Pour vos questions relatives aux moyens de calculs et au développement, [/orange fonce]
[orange fonce] venez nous rencontrer au bureau 270 ! (Laurent et Philippe) [/orange fonce]

Voici une liste non exhaustive des principaux logiciels de calcul et de post-traitement accessibles depuis votre poste de bureau.

• Logiciels de calcul

  • maple (exécutable maple ou xmaple)
  • matlab (exécutable matlab)
  • scilab (exécutable scilab)
  • sage (exécutable sage)
  • pari (version 2.9.1, exécutable gp)
  • magma plusieurs versions sont disponibles.
    • faire ssh magma pour aller sur la machine permettant de faire tourner une version récente de magma
    • la commande magma-info indique les machines permettant de faire tourner les versions les plus récentes
    • actuellement (5/1/2020) le serveur permettant de faire tourner les versions les plus récentes sont : compute-1To
    • la commande magma permet de démarrer la version la plus récente disponible sur la machine courante
    • exécutables : magma, magma2.11-13, magma2.23-9, magma-2.24-5, magma-2.25-1
  • R (exécutable R)
  • ...

Lorsque vous n’utilisez pas d’interface graphique, nous vous recommandons de lancer matlab, scilab et maple avec les commandes :

nohup time  matlab  -nojvm  -nodisplay  <  file.m  >  print.res  &
nohup echo  "exec ('file.sci')  ; quit"  |  time  scilab  -nw   >  print.res  &
nohup time  maple  <  file.txt  > print.res  &

• Logiciels de post-traitement

  • xmgrace (exécutable xmgrace)
  • paraview (exécutable paraview)
  • visit (exécutable visit)
  • (note : tecplot abandonné au profit de visit et paraview)

sont accessibles depuis votre poste de bureau et la machine servisu qui est essentiellement destinée au post-traitement (ssh -Y servisu).

Pour le post-traitement de vos données qui se trouvent sur la plateforme de calcul PlaFRIM, vous pouvez les visualiser directement sur votre poste de bureau ou servisu en accédant à ces données à distance via une procédure sshfs.
Vous pouvez également utiliser la machine visu01 de PlaFRIM2 dédiée à la visualisation possédant une carte d’accélération 3D NVidia Quadro K4000.

Spécial magma
Pour de longs calculs et éviter les problèmes de déconnexion, deux solutions.

– travailler en mode non interactif

ajouter : #!/usr/local/bin/magma -I
au tout début du fichier contenant les instruction magma. cf : https://magma.maths.usyd.edu.au/magma/handbook/text/47

ensuite,il faut donner les droits d’exécution + le ton script en le "détachant" de la session courante et rediriger les sorties dans un fichier, puis regarder le contenu quand ce sera terminé :

– travailler en mode interactif, utiliser une session virtuelle avec Multiplexeurs de terminaux : les commandes screen et tmux