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Calcul et Développement

[orange fonce] Pour vos questions relatives aux moyens de calcul/stockage et au développement, [/orange fonce]
[orange fonce] venez nous rencontrer au bureau 270 ! (Laurent et Philippe) [/orange fonce]

Vous trouverez ici une présentation du pôle MCD pour les nouveaux arrivants.

[bleu]* Divers moyens de calculs sont accessibles aux membres de l’IMB[/bleu]

Par ordre croissant de complexité d’utilisation et de puissance :

  1. votre poste de travail (portable ou diskless) !
  2. servisu et compute-1To (local) : serveurs strictement identiques aux diskless (compte IMB)
  3. PlaFRIM (IMB/LaBRI/INRIA) : cluster HPC avec gestionnaire de job (Slurm)
    (inscription - en 3 étapes : 1-demande (via web) 2-acces web ([rouge]email n°1[/rouge] avec les information d’accès) 3-acces plateforme ([rouge]email n°2[/rouge] avec instructions d’accès) )) (générer votre clef SSH)(assistance)
  4. MCIA (mésocentre/régional) : cluster HPC avec gestionnaire de job (Slurm/Torque) + solution de stockage pérenne iRODS
    (procédure d’inscription - choisir l’Unité "IMB" pour pouvoir accéder aux ressources réservées)
  5. GENCI (national) : cluster HPC avec gestionnaires de jobs / sur dossier
  6. EGI (européen) : Grille de calcul Européenne. utilisation particulière

[vert]-> Des formations pour utiliser ces moyens de calculs sont disponibles sur la page[/vert] Formations

[bleu]* Divers moyens de développement sont accessibles aux membres de l’IMB[/bleu]

[vert]-> Des formations pour utiliser ces moyens de développement sont disponibles sur la page[/vert] Formations

[bleu]* Ci-dessous, diverses documentations spécifiques pour les membres de l’IMB : [/bleu]


Les logiciels scientifiques

PlaFRIM - Se connecter

PlaFRIM3 - Utilisation (introduction)

PlaFRIM3 - visualisation déportée (ex : matlab)

Exécuter une commande graphique sur PlaFRIM3 et obtenir l’affichage sur son poste au bureau ou à la maison sans que le déport graphique de soit trop lent.

PlaFRIM3 - avancé : partie pratique

PlaFRIM3 - Divers

Comment installer des logiciels depuis un environnement non ouvert sur Internet

Comment mettre en place un tunnel http/https via votre connexion SSH
pour pouvoir installer des logiciels dans un environnement qui n’est
pas ouvert sur internet.
(vérifiez que la charte du système distant vous autorise à faire cela)

MCIA - Calculer au mésocentre régional (curta)

MCIA - Stockage de données volumineuses - iRODS

 Le système iRODS mis en place au sein du mésocentre Aquitain MCIA permet aux usagers de l’IMB de stocker de gros volumes de données de recherche (plusieurs To par utilisateurs).

Matlab sur PlaFRIM3

Stockage de données de recherche volumineuses

modules python / conda "quick ref"

Installer des packages python

Calculer sur GPU

Comparatifs des clusters de calculs MCIA vs PlaFRIM

Echanger des fichiers entre MCIA Curta et PlaFRIM

PlaFRIM3/Curta notebook jupyter

Executer des notebook jupyter sur PlaFRIM3 ou Curta et visualiser sur son poste

matlab compiler sur PlaFRIM3/Curta/MCIA

keops sur curta, plafrim, et à l’IMB

Différences Slurm entre MCIA-Curta et PlaFRIM3

Statistiques d’utilisation Slurm sur MCIA-Curta et PlaFRIM3

S’organiser pour travailler indifferemment sur plusieurs plateformes de calcul

Stockage et diffusion de données. PGD (Plan de Gestion des données). DMP (Data Management Plan)

 ! en travaux ! ébauche

Visualisation de données et affichage déporté