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PlaFRIM3 notebook jupyter

 Introduction

Cette recette permet d’exécuter des notebook jupyter sur PlaFRIM en visualisant le résultat sur son poste (via un navigateur).

Principe :

  • le notebook s’exécute sur un noeud PlaFRIM
  • 2 tunnels réseau (via SSH) mis bout à bout permettent d’accéder au port du notebook

Détails techniques :
Le choix du port PPPP permet d’éviter les conflits entre utilisateurs (sur une même machine, un port donné ne peut être affecté qu’à un seul utilisateur).

 Préliminaires

  • Choisissez un nombre PPPP (numéro de port réseau) entre 2000 et 65000. Vous devrez remplacer PPPP par le numero choisi dans les lignes qui suivent.
  • sur votre poste de travail, modifiez le paragraphe concernant votre connexion PlaFRIM dans votre fichier $HOME/.ssh/config :
    • ajouter à la fin de ce paragraphe la ligne :
      LocalForward 127.0.0.1:8888 127.0.0.1:PPPP

 Session notebook

  • sur PlaFRIM : (allocation d’un nœud miriel pour 1heure, 0minute, et 0 seconde)
    salloc -I10 --exclusive -C miriel --time=1:0:0
    ssh `srun hostname` -L127.0.0.1:PPPP:127.0.0.1:8888

Dans cette nouvelle session ssh sur le nœuds alloué :

module load language/python-keras/3.6.9
jupyter notebook --ip=127.0.0.1 --port=8888

Sur votre poste de travail, vous pouvez lancer un navigateur en ciblant un URL utilisant le port 8888 (http://localhost:8888/...)

 Notes

D’autres versions de python sont disponibles sur PlaFRIM. Vous pouvez tenter de les utiliser en installant (si besoin) jupyter dans votre environnement :

module load language/python/X.Y.Z
pip install --user jupyter
jupyter notabook