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Les logiciels scientifiques

Pour vos questions relatives aux moyens de calculs et au développement, venez nous rencontrer au bureau 270 ! (Laurent et Philippe)

Voici une liste non exhaustive des principaux logiciels de calcul et de post-traitement accessibles depuis votre poste de bureau.

  •  Logiciels de calcul

    • maple (exécutable maple ou xmaple)
    • mathematica (exécutable mathematica - si besoin la première fois pour la license, choisir "Other ways to activate", puis "Connect to a network license server" et saisir : "jetons.math.u-bordeaux.fr")
    • matlab (exécutable matlab)
    • scilab (exécutable scilab)
    • sage (exécutable sage)
    • pari (version 2.9.1, exécutable gp)
    • magma plusieurs versions sont disponibles.
      • faire ssh magma pour aller sur la machine permettant de faire tourner une version récente de magma
      • la commande magma-info indique les machines permettant de faire tourner les versions les plus récentes
      • actuellement (5/1/2020) le serveur permettant de faire tourner les versions les plus récentes sont : compute-1To
      • la commande magma permet de démarrer la version la plus récente disponible sur la machine courante
      • exécutables : magma, magma2.11-13, magma2.23-9, magma-2.24-5, magma-2.25-1
    • R (exécutable R)
    • ...

Lorsque vous n’utilisez pas d’interface graphique, nous vous recommandons de lancer matlab, scilab et maple avec les commandes :

nohup time  matlab  -nojvm  -nodisplay  <  file.m  >  print.res  &
nohup echo  "exec ('file.sci')  ; quit"  |  time  scilab  -nw   >  print.res  &
nohup time  maple  <  file.txt  > print.res  &

  •  Logiciels de post-traitement

    • xmgrace (exécutable xmgrace)
    • paraview (exécutable paraview)
    • visit (exécutable visit)
    • (note : tecplot abandonné au profit de visit et paraview)

sont accessibles depuis votre poste de bureau et la machine servisu qui est essentiellement destinée au post-traitement (ssh -Y servisu).

Pour le post-traitement de vos données qui se trouvent sur la plateforme de calcul PlaFRIM, vous pouvez les visualiser directement sur votre poste de bureau ou servisu en accédant à ces données à distance via une procédure sshfs. Vous pouvez également utiliser la machine visu01 de PlaFRIM2 dédiée à la visualisation possédant une carte d’accélération 3D NVidia Quadro K4000.