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Moyens de calcul et de stockage

Pour vos questions relatives aux moyens de calcul/stockage et au développement,

venez nous rencontrer au bureau 270 ! (Laurent et Philippe)

Divers moyens de calculs sont accessibles aux membres de l’IMB.

Par ordre croissant de complexité d’utilisation et de puissance :

  1. votre poste de travail (portable ou diskless) !
  2. servisu et compute-1To (local) : serveurs strictement identiques aux diskless (compte IMB)
  3. PlaFRIM (IMB/LaBRI/INRIA) : cluster HPC avec gestionnaire de job (Slurm) (inscription) (générer votre clef SSH)
  4. MCIA (mésocentre/régional) : cluster HPC avec gestionnaire de job (Slurm/Torque) + solution de stockage pérenne iRODS (inscription)
  5. GENCI (national) : cluster HPC avec gestionnaires de jobs / sur dossier
  6. EGI (européen) : Grille de calcul Européenne. utilisation particulière

Des formations pour utiliser ces moyens de calculs sont disponibles sur la page Formations


Matlab sur PlaFRIM3

modules python "quick ref"

Installer des packages python

de PlaFRIM2 à PlaFRIM3 - changements et nouveautés

Documentation pour faciliter le passage de PlaFRIM2 à PlaFRIM3

Comparatifs des clusters de calculs MCIA vs PlaFRIM

Echanger des fichiers entre MCIA-curta et PlaFRIM

PlaFRIM3 notebook jupyter

Executer des notebook jupyter sur PlaFRIM et visualiser sur son poste

matlab compiler sur PlaFRIM3/Curta/MCIA

keops sur curta, plafrim, et à l’IMB

Différences Slurm entre MCIA-Curta et PlaFRIM3

Statistiques d’utilisation Slurm sur MCIA-Curta et PlaFRIM3

Les logiciels scientifiques

PlaFRIM - Se connecter

PlaFRIM3 - Utilisation (introduction)

PlaFRIM3 - visualisation déportée (ex : matlab)

Exécuter une commande graphique sur PlaFRIM3 et obtenir l’affichage sur son poste au bureau ou à la maison sans que le déport graphique de soit trop lent.

PlaFRIM3 - avancé : partie pratique

PlaFRIM3 - Divers

Comment installer des logiciels depuis un environnement non ouvert sur Internet

Comment mettre en place un tunnel http/https via votre connexion SSH pour pouvoir installer des logiciels dans un environnement qui n’est pas ouvert sur internet. (vérifiez que la charte du système distant vous autorise à faire cela)

MCIA - Calculer au mésocentre régional (curta)

MCIA - Stockage de données volumineuses - iRODS

 Le système iRODS mis en place au sein du mésocentre Aquitain MCIA permet aux usagers de l’IMB de stocker de gros volumes de données de recherche (plusieurs To par utilisateurs).