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Moyens de calcul et de stockage

Pour vos questions relatives aux moyens de calcul/stockage et au développement,

venez nous rencontrer au bureau 270 ! (Laurent et Philippe)

Divers moyens de calculs sont accessibles aux membres de l’IMB.

Par ordre croissant de complexité d’utilisation et de puissance :

  1. votre poste de travail (portable ou diskless) !
  2. servisu et compute-1To (local) : serveurs strictement identiques aux diskless (compte IMB)
  3. PlaFRIM (IMB/LaBRI/INRIA) : cluster HPC avec gestionnaire de job (Slurm) (inscription) (générer votre clef SSH)
  4. MCIA (mésocentre/régional) : cluster HPC avec gestionnaire de job (Slurm/Torque) + solution de stockage pérenne iRODS (inscription)
  5. GENCI (national) : cluster HPC avec gestionnaires de jobs / sur dossier
  6. EGI (européen) : Grille de calcul Européenne. utilisation particulière

Des formations pour utiliser ces moyens de calculs sont disponibles sur la page Formations


modules python "quick ref"

Installer des packages python

de PlaFRIM2 à PlaFRIM3 - changements et nouveautés

Documentation pour faciliter le passage de PlaFRIM2 à PlaFRIM3

Comparatifs des clusters de calculs MCIA vs PlaFRIM

Echanger des fichiers entre MCIA-curta et PlaFRIM

PlaFRIM3 notebook jupyter

Executer des notebook jupyter sur PlaFRIM et visualiser sur son poste

matlab compiler sur PlaFRIM3/Curta/MCIA

keops sur curta, plafrim, et à l’IMB

Les logiciels scientifiques

PlaFRIM - Se connecter

PlaFRIM3 - Utilisation (introduction)

PlaFRIM3 - visualisation déportée (ex : matlab)

Exécuter une commande graphique sur PlaFRIM3 et obtenir l’affichage sur son poste au bureau ou à la maison sans que le déport graphique de soit trop lent.

PlaFRIM3 - avancé : partie pratique

PlaFRIM3 - Divers

Comment installer des logiciels depuis un environnement non ouvert sur Internet

Comment mettre en place un tunnel http/https via votre connexion SSH
pour pouvoir installer des logiciels dans un environnement qui n’est
pas ouvert sur internet.
(vérifiez que la charte du système distant vous autorise à faire cela)

MCIA - Calculer au mésocentre régional (curta)

MCIA - Stockage de données volumineuses - iRODS

 Le système iRODS mis en place au sein du mésocentre Aquitain permet aux usagers de l’IMB de stocker de gros volumes de données de recherche (plusieurs To par utilisateurs).